În perioada de război, mii de evrei au fost deportați în Transnistria, un teritoriu aflat sub administrația română, într-un proces de purificare etnică. Această mișcare de deportare a vizat eliminarea populației evreiești din Bucovina și Basarabia, conform deciziilor luate în ședințele de guvern din vara anului 1941. Condițiile de viață din această regiune au fost extrem de dure, transformând zona într-un adevărat lagăr de exterminare pentru cei care au ajuns acolo.
Ion Antonescu a legiferat ideile antisemite, promovând substituirea treptată a evreilor cu români și legionari. Mareșalul a declarat că bunurile acestora vor fi expropriate, iar cei veniți în țară după 1913 vor fi îndepărtați imediat ce va fi posibil. Autoritățile au împărțit populația evreiască în categorii de „utili” și „neutili” pentru economie, însă mulți dintre cei considerați neutili au fost purtați în condiții de lipsă totală de hrană și medicamente.
Procesul de evacuare a fost marcat de violențe și confiscări de proprietăți, practici intensificate de Poliția Legionară încă din anul 1940. Un exemplu relevant a fost evenimentul de la Câmpulung Moldovenesc, unde soldații au interzis evreilor accesul în propriile case, în timp ce poliția a jefuit populația. În acea perioadă, sute de persoane au fost arestate și trimise la granița cu URSS, fără ca autoritățile să informeze oficial partea sovietică despre acest lucru.
Transportul deportați în vagoane de animale a reprezentat un moment de suferință extremă, cu uși ability încuite și ferestre astupate cu scânduri. În cazul trenului spre Călărași, peste 2.400 de evrei au fost înghesuiți în 33 de vagoane folosite anterior pentru carbid, pierind din cauza căldurii și a lipsei de aer. Din acest grup, doar 1.011 persoane au reușit să ajungă în viață la destinație, după un drum de șase zile.
În Transnistria, supraviețuitorii au fost grupați în ghetouri și obligați să execute muncă forțată pentru reparații de drumuri, poduri sau tăiere de lemne. În lagărul de la Moghilev, situația era de coșmar, cu aproximativ 3.000 de copii bolnavi care își așteptau moartea pe scânduri, fără saltele sau pături. Rapoartele indică faptul că, din cei 200.000 de evrei deportați, circa 122.000 au murit în decurs de doi ani, reprezentând mai mult de jumătate din total.
Istoria Holocaustului în România este marcată de aceste evenimente tragice, care au început mult înainte de intrarea în război. Ziua Națională de Comemorare a Victimelor Holocaustului din România este declarată anual pe 9 octombrie, data primei deportări în Transnistria, desfășurată în anul 1941. Această zi servește la amintirea celor care au suferit în urma politicii de exterminare și a regimului de muncă forțată impus de autoritățile de atunci.