Japonia a fost martorul unei dintre cele mai sistematice și violente persecuții împotriva creștinilor din istoria mondială, desfășurată în secolele XVI și XVII. În această perioadă, peste 3.000 de persoane au fost masacrate, inclusiv preoți și călugări care au fost supuși unor metode de tortură îngrozitoare. Evenimentele au vizat atât simplii practicanți, cât și liderii religioși, într-un context de instabilitate politică și teama de o posibilă invazie străină.
Primii misionari au ajuns pe teritoriul Japoniei în anul 1549, printre aceștia fiind călugărul iezuit Francisc de Xavier. La început, liderul Oda Nobunaga a permis răspândirea creștinismului pentru a menține legăturile comerciale cu europenii și pentru a obține tehnologii militare, precum praful de pușcă. Se estimează că, la momentul morții sale în 1582, existau aproximativ 150.000 de creștini japonezi, printre care se numărau și membri ai clasei samurailor sau seniori feudali.
Atitudinea conducătorilor a început să se schimbe radical sub Toyotomi Hideyoshi, care a impus restricții severe și a cerut expulzarea misionarilor străini. În anul 1597, el a ordonat executarea prin crucificare a douăzeci și șase de misionari și convertiți japonezi. Ulterior, Tokugawa Ieyasu a consolidat această politică de intoleranță, interzicând complet creștinismul prin diverse decrete emise între 1611 și 1614, moment în care bisericile au fost distruse și mănăstirile au fost închise.
Metodele de execuție utilizate de autoritățile japoneze au fost extrem de brutale, incluzând fierberea credincioșilor în apă sau spânzurarea acestora cu capul în jos. Un instrument de control social a fost ritualul fumi-e, prin care locuitorii erau obligați să calce pe plăci de bronz cu reprezentări ale lui Iisus sau ale Fecioarei Maria pentru a demonstra că nu sunt creștini. Revolta de la Shimabara, din perioada 1637-1638, a fost înăbușită în sânge după ce țăranii și samuraii creștini s-au răsculat împotriva taxelor și persecuțiilor.
Motivul principal al acestor masacre a fost teama politică a shogunatului că misionarii reprezintă o avangardă pentru armatele europene. Liderii japonezi considerau că religia creștină amenința ierarhia feudală și codul de onoare bushido, fiind văzută ca o provocare la adresa autorității centrale. De asemenea, trecerea de la parteneriatele cu catolicii din Spania și Portugalia la comerțul cu olandezii și englezii a facilitat eliminarea influenței religioase străine.
Istoria persecuțiilor religioase este una recorrentă, de la evenimentele din Antichitate, când împărați romani precum Nero sau Dioclețian au urmărit comunitățile creștine, până la perioadele de izolare națională. În Japonia, această perioadă de represiune violentă a durat până în secolul al XIX-lea, în timpul erei Meiji, când persecuția a fost în sfârșit abolită, marcând sfârșitul unei epoci de clandestinitate pentru credincioșii din țara samurailor.